基因工程常用的载体有三种:1。质粒载体；
2.噬菌体载体；
3.动植物病毒载体。
质粒作为载体具有分子量低的特点，不仅可以避免纯化过程中DNA的断链，还可以容纳大的外源DNA片段；但质粒作为载体时往往需要修饰加工，很难插入外源基因。
噬菌体是一种感染细菌的病毒。作为载体，它不仅包装后转染频率高，而且在不需要外源基因表达的情况下可以作为溶源性存在。但是噬菌体包装麻烦，包装率不稳定，购买包装蛋白成本高。
动植物病毒可作为载体感染真核生物，宿主范围广，但动物细胞培养费用昂贵，致病基因必须去除后才能用作载体，操作复杂。